公安机关与审判、检察机关地域管辖上的冲突。法院、检察和公安部门对管辖权的理解不一致，解释也各不尽相同，在案件的立案、批捕、起诉和审判环节上经常会出现由于这一原因而不能顺利进入诉讼程序的现象。级别管辖上的冲突。公安部门内部对于级别管辖还没有出台可操作性的标准，导致各地在级别管辖上比较混乱。
公安机关和人民检察院在立案之前，由于双方对案件的定性存在重大分歧，也可能导致管辖不明甚至管辖冲突。此类情况，两个机关首先应当协商解决。通过协商，仍然解决不了的，则应当由最先接到报案、举报、控告、自首等立案材料的机关立案侦查。经过侦查，依据查明的事实、证据、刑法和的有关规定，正确认定案件性质和作出妥当的处理。
《刑事诉讼法》
第十八条：刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
第十九条：基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。
第二十条：中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：
（一）危害国家安全案件；
（二）可能判处无期徒刑、死刑的普通刑事案件；
（三）外国人犯罪的刑事案件。
第二十一条：高级人民法院管辖的第一审刑事案件，是全省（自治区、直辖市）性的重大刑事案件。
第二十二条：最高人民法院管辖的第一审刑事案件，是全国性的重大刑事案件。
第二十三条：上级人民法院在必要的时候，可以审判下级人民法院管辖的第一审刑事案件；下级人民法院认为案情重大、复杂需要由上级人民法院审判的第一审刑事案件，可以请求移送上一级人民法院审判。
第二十四条：刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。
第二十五条：几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
第二十六条：上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
