工程结算的审计内容：审计结算编制依据的真实性、合法性、时效性和适用范围。 审查结算文件的组成和具体项目是否完整和正确。检查工程量的计算是否符合计算规则、是否准确。检查工程备料款进度款支付情况。 工程项目合同工期执行情况和合同质量等级控制情况等。
根据《建设工程价款结算暂行办法》第十四条的规定，工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
1、审计项目自身风险，与内审人员无关。 工程的结构与设计、 施工技术与时间、 预决算的准确性等， 给工程造价带来影响的可能性。这种风险的大小， 凭内审人员的审核是无法控制的。例如， 工程结构的决定、用料的多少和施工的期限， 进而影响工程的造价；预算人员的业务水平和工作态度同样影响着工程造价等。
2、由于审计工作的的滞后，增加审计难度。由于建设工程的单件性、复杂性、长期性，审计人员只能花费大量的时间、精力、物力进行资料的收集核对工作，对其真伪和是否全面很难判定；对于隐蔽工程、变更工程等无法从外表面看出来的工程项目，就只能是凭经验推断其合理性。
工程结算审计与工程结算审核的区别
工程结算审核是以成本预算部门在工程竣工与施工方结算价款时进行的工程成本造价审核，以确定工程成本。工程结算也不同于工程竣工结算，它是工程竣工结算的组成部分。工程结算审计的目的是通过审核、比对、查证，对发现的送审工程终点不符合施工合同，或违反相关政策文件、现行计价取费标准及工程量计算规则的差错，以及其他人为高予在纠正，从而有效地控制工程造价、规范工程造价管理。
《中华人民共和国审计法》第二条 国家实行审计监督制度。国务院和县级以上地方人民政府设立审计机关。国务院各部门和地方各级人民政府及其各部门的财政收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支，依照本法规定接受审计监督。审计机关对前款所列财政收支或者财务收支的真实、合法和效益，依法进行审计监督。
